คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา เปิดสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ดังต่อไปนี้

หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต
หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต