คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา เปิดสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ดังต่อไปนี้
หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล หลักสูตร พ.ศ. 2561
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา หลักสูตร พ.ศ. 2562
- สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี หลักสูตร พ.ศ. 2559 | 2564
หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต
- สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี หลักสูตร พ.ศ. 2559 | 2564
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล หลักสูตร พ.ศ. 2561
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา หลักสูตร พ.ศ. 2562
- สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการ หลักสูตร พ.ศ. 2560
- สาขาวิชาวิศวกรรมชีวภาพ หลักสูตร พ.ศ. 2561