คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา เปิดสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ดังต่อไปนี้
หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล หลักสูตร พ.ศ. 2566 | 2561
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา หลักสูตร พ.ศ. 2567 | 2562
- สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี หลักสูตร พ.ศ. 2564 | 2569
หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต
- สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี หลักสูตร พ.ศ. 2564 | 2569
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล หลักสูตร พ.ศ. 2566 | 2561
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา หลักสูตร พ.ศ. 2567 | 2562
- สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการ หลักสูตร พ.ศ. 2560 | 2565
- สาขาวิชาวิศวกรรมชีวภาพ สิ่งแวดล้อม และวัสดุ หลักสูตร พ.ศ. 2566